Bioinformatics Contest 2021 Final Roundに参加しました。
バイオインフォマティクスコンテスト2021 bioinf.me
問題文とか
Bioinformatics Contest 2021に参加しました。30位以内には届きませんでした。来年リベンジします。
簡単に方針を記します。
1. Genotype Imputation
二つの既知配列の組み合わせの中で未知配列との編集距離が最も小さいものを採用する。全探索のみ。
2. Causative Mutation
変異の頻度が多いかどうかを計算。よくわからなかったので偏差値とか使って標準化した値を用いた。ある程度絞ったら手動で二分探索すると満点が得られる。時間がなくて手動できなかった。ここで800点くらい損してるのかなしすぎ。
よく考えると計算で絞らなくても全部手動で答えが決まる。なにこれ。
3. Superspreaders
シミュレーションする。確率1のみのテストケースはシミュレーション1回で良い。 計算が重いが、寝てる間に回せば終わる。
4. Minor Haplotype
ある座標である変異が、全体で何回起こっているかを調べ、その数が有意っぽかったら採用する。有意っぽい変異が少なかったら、エラーだと判断する。有意っぽさはなにかしら標準的な値を使いたかったが、目で分布を確かめてエスパーした・・・。
5. Isoform Matching
読解が難しい。問題文を正しく理解して愚直に回せば、easyは満点が出る。6時間とか回してたけど。誰か高速化方法教えてください。 hardはうまい計算方法があるのかわからなかった。誰か教えて。
これを読んだ日本人の皆さんへ
まあまあ楽しいので次回があったら一緒に戦いましょう。
また、興味を持った方は、2021年8,9月に日本バイオインフォマティクス学会でプロコンがあるらしいので、ぜひ。
